Sauron est le serviteur le plus dangereux de Morgoth et il peut prendre de nombreuses apparences. Quand Morgoth est vaincu, il reconnait toutes ses fautes et accepte d'obéir à Eönwë, le héraut de Manwë. Il est invité à se rendre en Aman pour y être jugé. Mais il refuse et se cache. Il replonge alors dans le mal.
Lors de la Grande Bataille, Arda est bouleversée et connait de nombreux changements, notamment le Beleriand. Les Elfes s'installent non loin au Lindon. Gil-galad, fils de Fingon, est leur roi. Il est secondé par Elrond le Demi-Elfe, le fils d’Eärendil le Navigateur et le frère d’Elros, le premier roi de Númenor. Les Elfes construisent un port nommé Mithlond et fabriquent des navires. Ils retournent parfois à Valinor car ils y sont autorisés. Certains Eldar, surtout des Teleri, survivants de Doriath et d’Ossiriand passent les montagnes d’Ered Luin et s'installent avec les Elfes des forêts et des bois. Les Noldor fondent un nouveau royaume en Eregion, proche de Khazad-dûm. Les Elfes et les nains deviennent amis et s'enrichissent. En Eregion, se trouve la confrérie des Orfèvres ou Gwaith-i-Mírdain dont les aptitudes dans l'art de la forge sont grands. Un des forgerons les plus célèbre est Celebrimbor, le fils de Curufin.
La Terre du Milieu connait désormais la paix. La majorité des terres sont dépeuplées, mais des Elfes, les Avari voyagent partout. Au sud et à l'est les Hommes de plus en plus nombreux deviennent mauvais, sous la fourberie de Sauron. Ce dernier sait que les Valar ne s'intéressent plus aux Terres du Milieu. Il craint que les Dúnedain ne reviennent alors il prépare des plans maléfiques.
Même si les Hommes sont les plus faciles à corrompre, il s'intéresse davantage aux Elfes, plus puissants. Il s'infiltre parmi eux sous une forme humaine sous le nom d'Annatar et fait preuve de sagesse. Il est partout bien accueilli. Il évitait toutefois Gil-galad et Elrond, dans le Lindon, qui se méfient de lui. Le message d'Annatar passe bien auprès des Noldor de l'Eregion, toujours avides de savoir notamment dans le domaine de la forge. Ils apprennent beaucoup de lui. Les forgerons d’Ost-in-Edhil forgent les anneaux du pouvoir sous le contrôle de Sauron. De son coté Sauron fabrique un autre anneau nommé l'Unique capable de diriger les autres anneaux. Cela lui permet de diriger les porteurs des autres anneaux et de savoir tout ce qui se passe par leur biais. Mais les Elfes ne sont pas dupes et ne portent pas les puissants anneaux Narya, Nenya et Vilya. Ils sont soumis à l'Unique mais sont restés purs car seul Celebrimbor les a manipulé. Ils sont alors cachés. Sauron donne neuf anneaux aux Hommes, des guerriers, des rois ou encore des sorciers qu'il peut ainsi soumettre à sa volonté. Ils sont appelés les Nazgûl. Il donne sept anneaux aux Nains mais il est difficile de les soumettre.
Sauron veut devenir le maître sur les Terres du Milieu et constitue une grande armée d'Orques. Certains Elfes prennent la fuite, d'autres comme Gil-galad aidé par les Númenóréens font face. Mais à l'Ouest, Sauron est capturé par les Númenóréens et emmené à Númenor. Mais il entreprend de manipuler les Númenoréens afin de les dresser contre les Valar. Númenor est engloutie mais l'esprit de Sauron parvient à s'enfuir et à revenir en Terre du Milieu.
Certains Númenoréens comme Elendil et ses fils ont réussi à fuir et à rejoindre les Terres du Milieu où ils rejoignent Gil-galad. Les Númenoréens fondent le royaume du Gondor et d'Arnor. Des forteresses comme Minas Ithil et Minas Anor sont construites. Leurs trônes sont côte à côte dans la Grande Salle d’Osgiliath. Ils construisent beaucoup d'autres édifices comme l'Argonath ou l'Isengard. L'Arbre Blanc provenant d'un fruit de Nimloth est planté à Minas Ithil. Les Sept Pierres venant de Númenor sont partagées entre Elendil et ses fils. Elles sont ainsi placées à plusieurs endroits en Terre du Milieu ce qui permet aux Númenoréens de savoir ce qui se passe et de connaitre les mouvements et entreprises de l'ennemi.
Les Tours d’Emyn Beraid sont bâties par Gil-galad en l'honneur de son ami Elendil. La pierre de voyance est placée sur la plus haute des tours Elostirion. Elendil s'y retire fréquemment. Il voit Eressëa grâce à la pierre de voyance laissée sur la Tour d’Avallónë. Ces Pierres ont été données par les Eldar à Amandil, le père d’Elendil, elles sont appelées les Palantíri.
Les Númenóréens s'installent au Gondor et en Arnor.
Sauron qui était revenu, possède sa forteresse Barad-dûr non loin de la montagne Orodruin au Mordor, où il a installé ses forges, celles qui ont permis de forger l'Anneau Unique. Après avoir récupérer une nouvelle apparence, il met l'Anneau Unique et se prépare à la guerre. Beaucoup de ses troupes venant du Sud et de l'Est sont constituées d'anciens Númenoréens corrompus. Gil-galad était parvenu à en repousser certains vers le sud, ils sont appelés les Haradrim.
Sauron lance ses troupes au Gondor et s'empare de Minas Ithil. Il détruit l'arbre blanc. Isildur arrive à s'enfuir avec une pousse. Avec sa femme et son fils, il prend la mer pour rejoindre Elendil.
Anárion défend Osgiliath mais il sait qu'il ne tiendra pas longtemps. Elendil et Gil-galad s'entretiennent et décident de s'unir et fondent la Dernière Alliance entre les Elfes et les Hommes. C'est la plus grande armée jamais réunie. Ils franchissent les Montagnes de Brume et descendent vers l'Anduin pour combattre Sauron à Dagorlad. Peu de Nains combattent d’un côté ou de l’autre sauf le peuple de Durin qui se range contre Sauron. La bataille est remportée et la forteresse de Sauron encerclée. Mais beaucoup d'Hommes et d'Elfes sont tués. Anárion est tué dans la vallée de Gorgoroth. Gil-galad et Elendil, sont également tués. Isildur récupère le glaive brisé de son père, tranche le doigt de Sauron et récupère l'Anneau. Vaincu Sauron abandonna son corps et s'enfuit. Le troisième âge commence à ce moment.
Beaucoup des serviteurs de Sauron sont décimés. Certains Hommes autrefois mauvais se joignent aux héritiers d'Elendil mais beaucoup restent fidèles à Sauron et haïssent les royaumes de l'Ouest. La tour Noire est détruite mais pas oubliée .Les Númenoréens surveillent le Mordor et personne n'ose s'y installer.
L'Anneau Unique disparait mais il n'est détruit. En effet, Isildur refuse malgré les conseils d'Elrond et de Círdan l'enjoignant de le jeter dans les flammes d’Orodruin. Il retourne à Minas Anor, plante l'Arbre Blanc, et confie à son frère Meneldil les rennes du royaume du Sud. Il s'en va ensuite avec l'anneau vers le nord au Gondor. Mais les orques embusqués se jettent sur son campement entre la forêt verte et le grand fleuve. Presque tous ses hommes et sa famille sont tués. Il parvient à s'échapper grâce à l'anneau et plonge dans le fleuve. Mais l'anneau glisse de son doigt et il redevient visible aux yeux des Orques qui le tuent avec des flèches. Son écuyer Ohtar réchappe à la tuerie et récupère les morceaux de l'épée d'Elendil. Narsil est ramenée à Imladris dans les mains de Valandil mais elle n'est pas reforgée. Elle ne le sera que si Sauron refait surface. Valandil reste à Annúminas. Mais il subsiste peu de Númenoréens et d'Hommes d'Eriador pour garder les forts bâtis par Elendil. Beaucoup ont été tués à Dagorlad, au Mordor et sur la Plaine des Iris.
Après le règne d’Eärendur, le septième roi qui suivit Valandil, les Dúnedain du Nord qui possèdent des petits royaumes sont décimés les uns après les autres. Ils sont désormais oubliés.
Au sud, le royaume du Gondor prospère à l'instar de Númenor. De nombreuses tours, forteresses, ports sont construits. L'Arbre Blanc dont Isildur avait récupéré la graine à Númenor pousse devant la maison du Roi à Minas Anor. Au fil des années le Gondor dépérit. La lignée d’Anárion, fils de Meneldil, disparait. Le Mordor est ignoré. A la 23ème lignée de Meneldil, la peste décime une grande partie du peuple.
Les Nazgûl sortent de leur cachette pour préparer la venue de leur maître. Ils s'installent à Minas Ithil appelée ensuite Minas Morgul. La guerre est déclenchée contre Minas Arnor ensuite appelée Minas Tirith qui résistent aux assauts des Orques et des mauvais Hommes. Osgiliath devient une ruine. Le dernier roi du Gondor est Eärnur, fils d’Eärnil. Il est capturé devant Minas Morgul et il n'a aucun héritier. Ce sont les Intendants de la Maison de Mardil qui ont désormais la charge de gouverner la ville. Ils sont aidés par les Rohirrim qui s'installent au Rohan.
Après la mort de Gil-galad, Elrond reste à Imladris où les faibles et les opprimés peuvent trouver refuge, comme les héritiers d'Isildur. Les Elfes d'Eriador y demeurent également mais il reste aux ports gris du Lindon une partie du peuple de Gil-galad. Ils construisent les navires pour les Elfes qui veulent rejoindre Valinor. Círdan le Charpentier est leur chef.
On ne parle plus des Trois Anneaux. Peu savent qui les détiennent. Elrond a le saphir, Galadriel a celui en diamant. L'anneau rouge reste caché sauf Elrond, Galadriel et Círdan qui savent où il se trouve.
Il ne reste que deux endroits en Terre du Milieu où les Elfes règnent encore: Imladris et la Lothlórien cachée entre Anduin et Celebrant. Aucune créature malfaisante n'ose y entrer.
Les Elfes craignent que si Sauron revient ou retrouve l'anneau unique, ou encore que ce dernier soit détruit, alors ce serait la fin des Elfes et le début de la domination des Hommes. Et le pouvoir des Trois Anneaux des Elfes perdront leur pouvoir. C'est ce qu'y arriva, l'anneau fut détruit. L'histoire des Elfes sur la Terre du Milieu prenait fin. Mais grand nombre de créatures du mal régnaient sur les terres.
Alors que le règne des Hommes se prépare, secrètement, Sauron s'est installé au sud de la Grande Forêt Verte et des créatures sombres commencent à y errer. La forêt prend alors le nom de Mirkwood. Peu osent la traverser tellement elle devient dangereuse. Seul le Nord où se trouve le Roi Thranduil reste à l'abri du danger.
Dès que le mal commence à entrer dans la Forêt Noire, les Istari ou mages sont apparus. Ils ont été envoyés par les Valar aider les Hommes et les Elfes à combattre Sauron. Ils ressemblent à des hommes âgés mais vigoureux, habiles et intelligents. Les premiers sont Saruman proche des Hommes, puis Gandalf proche des Elfes et enfin Radagast proche des animaux. Saruman voyage vers l'Est et vit à Isengard. Gandalf s'intéresse aux ombres de la Forêt Noire et fait fuir le sorcier qui se trouve à Dol Guldur, ce qui entraine la paix.
Mais le mal revient et un conseil a lieu entre Elrond, Galadriel, Círdan, des princes Eldar ainsi que Gandalf et Saruman. Ce dernier est choisi comme chef au vu de sa connaissance des ruses de Sauron. Galadriel préfère Gandalf qui refuse car il veut rester libre et sans maître. Saruman commence à étudier l'histoire des Anneaux.
Gandalf retourne à Dol Guldur et découvre que c'est Sauron lui-même qui reprend des forces. Il cherche l'Anneau Unique ainsi que l'héritier d'Isildur. Tant que l'anneau reste perdu, Sauron ne peut être craint. Saruman pense que l'anneau est perdu pour toujours, mais Gandalf craint le contraire et qu'une nouvelle était à prévoir. Mais secrètement Saruman convoitait déjà l'anneau. Il savait que si Sauron se manifestait, l'anneau reviendrait vers lui. Alors Saruman le laissa faire.
Saruman apprend que les créatures de Dol Guldur explorent le fleuve. Il sait que Sauron a appris les circonstances de la mort d'Isildur. Alors il se réfugie à Isengard et étudie secrètement sur les Anneaux de Pouvoir. Radagast lui offre, sans en connaitre le véritable objectif, des oiseaux qui lui servent d'espions.
Mais le mal est de plus en plus présent dans la Forêt Noire alors un nouveau conseil se tient. Gandalf propose d'attaquer sans délai Sauron avant qu'il ne regagne trop de puissance. Car il possède déjà les neuf anneaux des Hommes et trois des sept anneaux des Nains. Saruman est d'accord car il sait que cela permettra de chasser les créatures qui cherchent près du fleuve où Isildur a péri. Alors Sauron prend la fuite et rejoint les tours de Barad-dûr au Mordor.
Mais l'Anneau Unique est retrouvé. D'abord par un pêcheur qui le trouve dans l'Anduin et va se cacher dans une grotte. Puis il est récupéré par un Hobbit, pourchassé par des Orques, qui s'est réfugié dans la grotte. Il le ramène chez lui au pays des Periannath. Ni les Hommes, ni les Elfes, ni Sauron ne le savent. Seul Gandalf l'apprend et demande aux Dúnedain de surveiller le pays des Periannath. Mais Sauron parvient aussi à le savoir et envoie les Nazgûl pour le récupérer. Ainsi la guerre contre Sauron a lieue et le Troisième Age se termine.
Certains de ces évènements sont racontés dans le récit de la Guerre de l'Anneau: le départ d'Aragorn à la guerre après que l'épée d'Elendil ait été reforgée à Imladris, la bataille au Rohan, la chute de Saruman ,la bataille devant la cité du Gondor, l'arrivée d'Aragorn devant les portes noires du Mordor.
Pour la dernière bataille, sont présents Gandalf, les fils d'Elrond, le roi du Rohan, les seigneurs du Gondor et l'héritier d'Isildur accompagné des Dúnedain . Mais ils sont vaincus par Sauron. Mais comme l'a prédit Gandalf, les Hobbits viennent les aider.
Frodo le Hobbit après un long voyage périlleux, atteint le Mont du Destin où il jette l'Anneau dans les flammes. Ainsi Sauron est vaincu et Barad-dûr détruite. La paix est alors rétablie. Aragorn est couronné Roi du Gondor et d'Arnor.
A Minas Arnor, l'arbre blanc fleurit de nouveau.
Gandalf n'est pas étranger à ce dénouement heureux. On a su après son départ qu'il a en sa possession l'anneau de feu, autrefois détenu par Círdan, Seigneurs des Ports. Ce dernier lui avait remis pour l'aider dans sa tache difficile. Cirdan lui avait aussi promis de l'attendre avec le dernier navire.
Lorsque l'héritier d'Isildur a conquis le trône, les derniers des Noldor embarquent et quittent la Terre du Milieu.